Οι 56 ομάδες που θα συμμετάσχουν στο Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών ΕΠΣ θα χωριστούν, μετά από κλήρωση, σε 14 ομίλους των τεσσάρων ομάδων. Κάθε ομάδα θα δώσει συνολικά έξι αγώνες, τρεις εντός και τρεις εκτός έδρας, σε δύο γύρους. Οι δύο πρώτες κάθε ομίλου και οι δύο καλύτερες τρίτες θα προβιβαστούν στη Γ’ Εθνική.
